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QuantStudio 1是一个灵活的平台,支持多种化学检测方法。总的来说,可以分为两大类:DNA结合染料 和水解探针。
一、赛默飞QuantStudio1实时荧光定量PCR系统DNA结合染料
这类染料可以嵌入任何双链DNA分子中,发出荧光,因此是一种非特异性的检测方法。它成本较低,但无法区分特异性产物和非特异性产物(如引物二聚体)。
1、SYBR Green I:这是经典、常用的DNA结合染料。当它与双链DNA结合后,荧光信号会大大增强。实验结束后,需要通过熔解曲线分析 来确认扩增产物的单一性。
2、EvaGreen:一种对PCR抑制更小、稳定性更好的染料,尤其适合高分辨率熔解曲线分析。
二、赛默飞QuantStudio1实时荧光定量PCR系统水解探针
这类方法利用一个序列特异性的探针,因此是特异性的检测。它通过荧光共振能量转移原理来工作,只有在扩增出目标序列时才会报告荧光信号,特异性高,适合进行多重检测(同时检测多个目标)。
1、TaqMan 探针:这是赛默飞世尔科技(Applied Biosystems)的技术,也是与QuantStudio系统最“原配"的探针化学方法。在探针的5‘端带有一个报告荧光基团,在3’端带有一个淬灭基团。
2、TaqMan探针常用的染料组合非常丰富,可以分为以下几类:
(1)经典的组合是 FAM(报告基团) 搭配 TAMRA 或 MGB-NFQ(淬灭基团)。
(2)现在主流、效果好的是使用MGB探针,其淬灭基团通常是非荧光淬灭基团,能获得更低的背景和更高的信噪比。例如:FAM-MGB-NFQ。
注意:在设置多重实验时,必须确保您仪器配置的光源和滤光片组支持您所选择的染料组合。QuantStudio 1的标准配置通常支持FAM、VIC、ROX等常见染料。
三、总结建议
1、查看仪器配置:首先确认您的QuantStudio 1具体配置了哪些激发光源和检测滤光片,以确保您选择的染料能被仪器识别。
2、实验目的决定方法:
(1)如果只是看某个基因的表达量变化,且预算有限,SYBR Green 是重要选择。
(2)如果需要进行高精度的定量(如病毒载量),或检测高度同源的序列,或在一个样本中同时检测多种病原体,请选择TaqMan探针。
3、使用预混液:强烈建议使用赛默飞配套的预混液,如 PowerUp SYBR Green Master Mix (用于SYBR Green法) 或 TaqMan Universal Master Mix (用于TaqMan探针法)。这些预混液已经优化好,包含了除引物、模板和探针外的所有成分,能保证实验的稳定性和重复性。