thermo赛默飞VeririPro96梯度PCR仪实验常用的染料有哪些？

Thermo Fisher Scientific（赛默飞世尔科技）的 VeritiPro 96 孔梯度PCR仪是一款高性能的热循环仪，它本身不检测荧光，因此它不直接限定使用哪种染料。其核心功能是提供精确的温度控制和梯度PCR功能。在VeritiPro 96上进行的实验，所使用的染料取决于实验的目的和检测方法。以下是搭配该仪器常用的几种染料类型及其对应的实验：

一、赛默飞VeritiPro96终点法PCR（常规PCR）常用染料

1、溴化乙锭：传统染料，但因其强致癌性，现在实验室已较少使用。

2、SYBR Safe DNA 凝胶染料：赛默飞自家的明星产品，安全性高，荧光信号强，是常用的替代品。其激发和发射波长与EB相近，可用同样的凝胶成像系统观察。

3、GelRed / GelGreen：其他品牌的常用安全型核酸凝胶染料。

4、简单的DNA结合染料：如在PCR预混液中常添加的SYBR Green I（但注意，这里添加是为了终点检测，而非qPCR的实时监测）。

二、实时荧光定量PCR（qPCR）常用染料/探针

当VeritiPro 96用于配制qPCR反应体系，然后转移到实时荧光定量PCR仪（如赛默飞的QuantStudio系列）上运行时，会用到以下染料：

1、SYBR Green I：常用的DNA结合染料。它特异性结合双链DNA，在每次扩增循环后测量荧光，用于定量和熔解曲线分析。优点是成本低、使用简便；缺点是对非特异性产物和引物二聚体也会产生信号。

2、TaqMan 探针：基于FRET原理的水解探针。它带有一个报告荧光基团和一个淬灭基团，特异性高，适用于多重检测和SNP分型等。赛默飞拥有大量成熟的TaqMan探针 assays。

3、其他探针：如分子信标、Scorpions探针等，也用于特定的qPCR实验，原理与TaqMan类似，但结构不同。

三、高分辨率熔解曲线分析（HRM）常用染料

如果实验后续需要进行HRM分析以进行基因分型、突变扫描等，需要使用专用的饱和染料。

1、EvaGreen：常用的HRM染料之一。它是一种饱和染料，在DNA熔解过程中不会发生重排，能产生高精度的熔解曲线。

2、SYTO 9 等：其他类型的饱和DNA结合染料，也适用于HRM分析。

四、重要总结与注意事项

1、仪器角色：VeritiPro 96是热循环仪，负责“变温-扩增"。它不负责“读荧光"。因此，染料选择取决于你的下游检测平台（凝胶成像系统 or qPCR仪）和实验目的（常规克隆、定量、基因分型等）。

2、兼容性：

对于终点PCR：只需确保染料与你的凝胶成像系统的光源和滤光片匹配（SYBR Safe 通常兼容EB的设定）。

对于qPCR：必须确保你选择的染料/探针（如SYBR Green或FAM/TAMRA标记的TaqMan探针）与你的实时荧光定量PCR仪的光学系统兼容。VeritiPro 96不参与此环节。

3、预混液：大多数现代实验室使用商业化的PCR或qPCR预混液，这些预混液通常已经优化并包含了合适的DNA聚合酶、dNTPs、缓冲液以及染料（如SYBR Green I for qPCR）。你只需要加入模板、引物和水即可。赛默飞的 PowerUp SYBR Green Master Mix 和 TaqMan Fast Advanced Master Mix 就是非常常见的例子。

4、梯度功能与染料：VeritiPro 96的梯度功能主要用于优化退火温度。这在建立新的终点法PCR或qPCR实验时非常有用。染料的选择不影响梯度功能的使用，但优化后的反应条件会使染料的信号更特异、更清晰。

五、结论：

在VeritiPro 96梯度PCR仪上常“使用"的染料，实际上是与你实验流程相匹配的染料：

1、日常克隆、鉴定：SYBR Safe（跑胶用）。

2、实时定量PCR（qPCR）：SYBR Green I 或 TaqMan 探针（在专用的qPCR仪上检测）。

3、高分辨率熔解分析：EvaGreen 等饱和染料。